Babadağ’ın yamaç ve tepelerinde, vadilerinde, koy ve kıyılarında önemli yabani hayvan varlığı söz konusudur. Yaban keçisi (Capra aegagrus), kurt (Canis lupus), çakal (Canis aureus), tilki (Vulpes vulpes), yaban domuzu (Sus scrofa), porsuk (Meles meles) ve su samuru (Lutra luîra) dağda görülen türler arasındadır.
Bölge aynı zamanda yörenin önemli kuş barınma ve üreme alanlarından biridir. Puhu (Bubo bubo), kaya kartalı (Aquila chrysaetos) ve maskeli örümcek kuşu (Lanius nubicus) diğer kanatlılarla birlikte bu bölgede yaşama alanı bulmuştur. Ayrıca, birçok sürüngen türünün yanısıra nesli küresel boyutta tehlike altında olan kara semenderine de (Mertensiella luschani) bölgede rastlanır.
Babadağ’ın nadir memeli hayvan türlerinden. Karakulak (Caracal caracal). Yabani bir kedi türümüz.